1982年，深圳市与香港特别行政区双方达成协议，共同开辟皇岗至落马洲的过境通道。 [3]
1985年5月，皇岗口岸动工兴建。
1988年11月30日，经中华人民共和国国务院批准，皇岗口岸对外开放。
1989年12月29日，皇岗口岸货运部分启用通车。
1991年8月8日，皇岗口岸客运部分开通使用。
1994年11月3日，皇岗口岸开辟两条货检通道试行二十四小时通关，并设置了空车验放专用通道。
1997年3月20日，皇岗口岸开通皇岗—落马洲穿梭巴士服务。
1999年10月，皇岗口岸实行货车自然分流通关。
2003年1月27日，皇岗口岸实行旅检通道24小时通关。10月8日，皇岗口岸允许持有文锦渡、沙头角口岸两地牌的私家车、公务车和商务车在零时至6:30时出入境。
2006年，皇岗口岸改造工程项目立项。
2007年3月，皇岗口岸进行改造工程。
2011年7月，皇岗口岸出境区域“车港城”改造竣工并启用。
2016年1月，皇岗口岸重建专项研究完成招标。 [1]
2017年9月29日，皇岗口岸出境大厅新建的自助查验通道竣工，并投入使用。 [4]
2018年7月9日，皇岗口岸入境大厅启用新的自助通关备案信息采集点。 [5] 13日，皇岗口岸出入境小（客）车查验场地启用LED显示屏。 [6]
